Mahkemenin iki yüzü vardır; biri resmi yüz, diğeri ise içyüzü...
İstiklal Mahkemeleri gerçek anlamda Fransız İhtilal Mahkemeleri gibi çalışmaya başlamışlardı. Şimdi hedef muhalifler veya karşı-devrim yapma ihtimali olan şüphelilerdi...
Mahkeme üyeleri arasında ortak bir hukuk anlayışından, yargı usulü ve uygulamaları hakkında düşünce birliğinden söz etmek olanaksız. Mahkemenin ilk dönem savcısı Ahmet Süreyya hariç, diğer üyelerin hiçbiri hukukçu da değildi. Hukuki altyapıya ve bilgiye sahip olmayan mahkeme heyeti üyelerinin tamamı mebuslardan oluşuyordu.
Şark İstiklal Mahkemesi'nde yargılanan kişilerin sayısı oldukça fazla olduğundan, mahkumları koyacak yer bulunamamıştı ve bu ihtiyaca yönelik Elazığ'daki metruk Ermeni Kilisesi hapishaneye dönüştürülmüştü. Buna rağmen yer ihtiyacı tam mânâsıyla karşılanabilmiş değildi.
